Οι σύγχρονες προδιαγραφές για την ποιότητα του πόσιμου νερού απαιτούν ένα ελάχιστο επίπεδο επεξεργασίας ανάλογα με την προέλευση του και την κατάσταση της πηγής υδροληψίας. Στις περιπτώσεις που το νερό προέρχεται από γεωτρήσεις με υγιές υπόστρωμα (ασβεστόλιθος), η ελάχιστη επεξεργασία είναι η προληπτική απολύμανση. Ωστόσο σε περιπτώσεις που το νερό προέρχεται από επιφανειακούς όγκους ή γεωτρήσεις σε υδροφόρο αποθέσεων απαιτούνται πιο σύνθετες εγκαταστάσεις επεξεργασίας όπως κροκίδωση, καθίζηση και διύλιση.
Η ΔΕΥΑΠ διαθέτει δύο κύριες μονάδες επεξεργασίας νερού:
Εγκατάσταση Ρηγανόκαμπου. Επεξεργάζεται το επιφανειακό νερό του Γλαύκου που λαμβάνεται μετά τον ΥΗΣ της ΔΕΗ. Η εγκατάσταση, μέγιστης δυναμικότητας 2.600 m3/h, πραγματοποιεί απομάκρυνση των αιωρούμενων κολλοειδών στερεών (θολότητα), του χρώματος που οφείλεται στα στερεά αυτά και των μικροοργανισμών του νερού που φθάνει εκεί από την διώρυγα φυγής ΥΗΣ του ποταμού Γλαύκου. Η διαδικασία περιλαμβάνει μονάδα κροκίδωσης και καθίζησης με χρήση θειικού αργιλίου και πολυηλεκτρολύτη, μονάδα διύλισης με κλίνες άμμου και μονάδα απολύμανσης με διοξείδιο του χλωρίου. Η εγκατάσταση έχει κατασκευασθεί (1994) και λειτουργεί σύμφωνα με την πλέον σύγχρονη τεχνολογία. Το όλο έργο είναι πλήρως αυτοματοποιημένο, παρακολουθείται και λειτουργεί μέσω ηλεκτρονικού υπολογιστή. Το παραγόμενο πόσιμο νερό είναι άριστης ποιότητας και καλύπτει τόσο τις προδιαγραφές της Ε.Ο.Κ. όσο και της Ελληνικής νομοθεσίας.
Εγκατάσταση περιοχής «Μακρυγιάννη». Επεξεργάζεται το νερό των γεωτρήσεων της μέσης ζώνης του Γλαύκου για την κατακράτηση φυσικών ρύπων που παρατηρούνται σε διάφορες συγκεντρώσεις. Η επεξεργασία περιλαμβάνει διύλιση σε κλίνες άμμου υποβοηθούμενη από επίπλευση διαλελυμένου αέρα και απολύμανση με διοξείδιο του χλωρίου. Η εγκατάσταση έχει δυναμικότητα 1.000 m3/h και ευρίσκεται σε λειτουργία από το 1993. Λειτουργεί κυρίως τους θερινούς μήνες όταν οι εγκαταστάσεις Ριγανόκαμπου λειτουργούν με μειωμένη παροχή αφού το διαθέσιμο επιφανειακό νερό διατίθεται κατά το μεγαλύτερο ποσοστό για άρδευση.
Επιπλέον των ανωτέρω εγκαταστάσεων υπάρχουν εγκαταστάσεις απολύμανσης με τη χρήση υποχλωριώδους νατρίου στα περιφερειακά δίκτυα κυρίως των ορεινών περιοχών όπου το νερό που παράγεται στις κατά τόπους ορεινές γεωτρήσεις διανέμεται κατευθείαν στις τοπικές κοινότητες.